پیشرفت در حوزه‌های متعدد علوم بنیادی که نیازمند مشاهده و تجربه اند مدیون پیشرفت در فناوری است. هر یک میلیارد سال نفوذ در عمق عالم به جهت درک تشکیل ساختارها و رموز آن یک جهش فناوری در مهندسی یا علوم پایه را تجربه کرده است. درک ساختار ماده در ریزترین شکل آن و مانند سازی جهان اولیه، فناوری در مرزهای مهندسی و علوم بنیادی را طلب می کند. فهم ما از نحوه ادراک ما و ساختار مغز و پیام رسانی سیستم عصبی نیازمند بکارگیری فناوری است. در یک جمله، فناوری و دانش های بنیادی جدایی ناپذیرند.
دهه سوم فعالیت پژوهشگاه دانشهای با میزبانی طرح های کلان ملی و شکل گیری زیرساخت ها و آزمایشگاههای ملی و همکاری های بین المللی در حوزه فناوری همراه بوده و هر سال رشد و توسعه یافته است. معاونت فناوری پژوهشگاه دانشهای بنیادی به منظور تسهیل حرکت پایدار در این مسیر شکل گرفته است. حمایت از تولید دانش منتهی به فناوری و بکارگیری فناوری برای توسعه علوم بنیادی هدف اصلی تشکیل این معاونت است تا ترکیبی موزون از دانش، پژوهش و فناوری در علوم پایه شکل گیرد.
از اهداف این معاونت ايجاد ظرفيتهاي پژوهشی و علمی جدید در پژوهشگاه براي رقابت با مراکز علمی داخلی و خارجی و ارتقاء سطح آموزش فناوریهای نوین به منظور افزایش توانمندی پژوهشگاه در عرصه های داخلی و بین المللی و تربیت نیروهای متخصص می باشد. از دیگر اهداف این معاونت فراهم نمودن زمینه معرفی پژوهشگاه به عنوان یکی از مراکز تخصصی فناوری نوین دانش های بنیادی است.